Projektu pārraudzīja Projekta vadības grupa, kuras sastāvā bija sekojošu institūciju pārstāvji: Vides ministrija, Ekonomikas ministrija, Veselības ministrija, Valsts vides dienests, Valsts darba inspekcija, Latvijas Vides, Ģeoloģijas un Metroloģijas aģentūra, Vides konsultatīvā padome, Vides aizsardzības fonds, Bīstamo atkritumu pārvaldības valsts aģentūra, Latvijas atkritumu saimniecības asociācija, Latvijas Atkritumu saimniecības uzņēmumu asociācija, Vides investīciju fonds (projekta ieviesējinstitūcija), ANO Attīstības programma. Vides ministrijas pārstāvis bija Projekta vadības grupas vadītājs, Vides investīciju fonds pildīja Projekta vadības grupas sekretariāta funkcijas.

Projekta vadības grupa apstiprināja projekta darba plānu, nodrošināja projekta stratēģisko vadību un palīdzību jebkādu jautājumu risināšanā projekta ieviešanas gaitā.